1959年1月鐵道部公布《1960—1967年鐵路高校專業（全日制）學校發展規劃草案》。4月鐵道部在成都召開全路高等學校及中等專業學校教育工作會議，會議傳達貫徹中共中央教育工作會議關于“整頓、鞏固、提高”的工作方針，在總結1958年工作的基礎上，提出1959年的工作任務和目標，著重討論了關于加強學校統一管理、調整新建高等學校以及提高教育質量的措施等問題，確定了6條整頓的原則和具體方案，提出每省1所大學的布局；會議討論了鐵道部《關于加強全日制高等學校和中等專業學校統一管理問題的若干規定（草案）》、《關于整頓1958年新建高等學校意見》等文件。6月鐵道部發文規范鐵路高校校名和學制。規定：鐵道部直屬高校，均以“鐵道學院”命名，并冠以該院校所在地名；各局、院、廠所屬高等學校鐵路學院有哪些，均以“鐵路學院”命名，并冠以該院校所在地名；鐵道部直屬高校本科為五年，其他的為四年，專科為三年或兩年。1959年6月鐵道部在全路高等學校內確定3所重點學校，為唐山鐵道學院、北京鐵道學院、蘭州鐵道學院。

1961年3月鐵道部在衡陽召開鐵路高等和中等專業教育工作會議。會議討論了貫徹中央“調整、鞏固、充實、提高”八字方針問題，具體研究了：關于鐵路高等學校及中等專業學校進行調整“四定”的初步方案；關于鐵路高等學校及中等專業學校進行充實提高的初步方案；鐵道部《關于設置全路重點高等學校和重點中等專業學校的決定（草案）》；《關于鐵路高等學校及中等專業學校機構編制的暫行規定（草案）》；鐵路高等及中等專業學校專業目錄。4月鐵道部確定5所全路重點高等院校：北京鐵道學院、唐山鐵道學院、蘭州鐵道學院、長沙鐵道學院、南京鐵道醫學院。

1961年5月11日鐵道部下發《鐵路高等及中等專業學校調整“四定”的初步方案》經衡陽會議確定，鐵路高等學校由 1960年末的57所(工科39所、醫科11所、師范7所)，調整為25所(工科18所、醫科5所、師范2所)；鐵路中等專業學校由1960年末的109所(工科58所、醫科41所、師范10所)，調整為71所（工科40所、醫科26所、師范5所)。

1961年8月21日至31日鐵道部在哈爾濱召開全路教育工作會議，貫徹7月3日至15日教育部召開的全國高等學校及中等專業學校調整工作會議關于“縮短戰線、壓縮規模、合理布局、提高質量"的精神。再次討論研究鐵路高等學校、中等專業學校及技工學校調整方案。會議討論研究了：①《鐵路文化教育工作條例)共6章48條；②《關于鐵路高等、中等專業學校和技工學校調整和“四定”的意見)；③《鐵路高等學校“四定”方案(草案》及各專業人數分配表；《鐵路中等專業學校“四定"方案(草案))及專業人數分配表；《鐵路技工學校“四定"方案(草案)》。對3月衡陽會議確定的鐵路高等學校、中等專業學校調整方案進行再次調整，鐵路高等學校由25所調整為19所(工科14所、醫科5所)，鐵路中等專業學校由71所調整為51所(工科35所、醫科16所)，鐵路技工學校由58所調整為46所。

1961年11月5日鐵道部報送教育部《關于鐵路高等及中等專業學校進一步調整方案及1962年招生計劃意見》，決定鐵路高等學校由8月哈爾濱會議確定保留的19所鐵路學院有哪些，再次調整為保留11所(北京、唐山、蘭州、長沙、大連、上海、哈爾濱鐵道學院，北京、南京、上海、大連鐵道醫學院)；鐵路中等專業學校由確定保留的51所(后來又調整為46所)，再次調整為保留39所(到1962年初又將保留中專學校增加到42所)。