南京金陵神學院的前身始于1911年的金陵神學院及其后的金陵女子神學院。堅持愛國愛教、獨立自主的原則辦學，培養靈、德、智、體、群全面發展，既能服務教會、又能服務社會的神學人才。在“文化大革命”期間停辦。1981年春天恢復辦學。學院是中國基督教三自愛國運動的重要成果，也是中國基督教神學思想建設的重要基地，是全國性的神學高等學府。

學院于2009年3月，從位于鼓樓區大锏銀巷17號的老校區搬遷到江寧大學城新校區，改善了辦學條件。

學院由中國基督教三自愛國運動委員會和中國基督教協會主辦，實行董事會領導下的院長負責制。學院有五個職能部門：辦公室、教務處、圖書館、研編室、學工處，開展日常教學與管理工作。

招生情況

學院面向全國招生，學制齊全，有本科（神學學士學位）課程、碩士研究生課程，神學博士與教牧學博士課程，目前全日制在校生500人左右，專業課程有圣經研究、系統神學、歷史神學和實踐神學，還有大學公共課程。除全日制教學外，為滿足各地教會需要，學院還開設教牧研究生班、圣經函授班。

師資力量

學院校舍寬敞，教學設備完整。為保證教學，學院一直致力于師資隊伍的建設，有20多位專職教師，90%以上擁有碩士學位，三分之一以上擁有博士學位，教師的專業覆蓋了神學教育中的所有專業。1995年，學院開始頒發神學學士和神學碩士學位，2016年開始招收神學博士研究生，2017年開始招收教牧學博士研究生。學院也是東南亞神學教育協會成員。

圖書館現有中外文藏書8萬余冊，絕大部分為專業圖書。另有中英文期刊160余種。為保證教學、促進研究，圖書館還注重電子圖書數據庫建設，目前已建成投入使用的電子數據庫有：中國基督教歷史全文數據庫，英文atlas數據庫，常年購買中國知網數據庫。同時也注重圖書館的功能建設，建有圣經研究資源中心、中國基督教研究中心，圖書館還定期舉辦博雅讀書會，邀請國內外專家演講。

學院常年出版兩份期刊，一份是學術季刊《金陵神學志》，另一份是面向廣大教職人員的雙月刊《教材》。還出版了近百種神學、靈修、解經等書籍，為各神學院校和基層教會推進神學思想建設和開展基督教中國化探索提供豐富的資源。為迎接65周年院慶和金陵禮堂落成，編輯出版了110萬字的《金陵神學文選》（二），學院還是基督教全國兩會圣經主要發行點之一，為教會和信徒提供服務。

學院高度重視學術研究工作，積極發揮神學思想建設研究基地作用，開展多形式的學術探討。學院于2013年和2015年承辦了基督教全國兩會主辦的“中澳（澳大利亞）聯合教會論壇”和“中加（加拿大）聯合教會論壇”；還承辦了世界基督教教會聯合會國際事務委員會，東南亞神學教育基金會等有影響力的國際會議。學院舉行60周年和65周年院慶時也舉辦了相關的學術會議。