(一)納費人應納的維護費(包括單位代收代交的職工個人部分)應當向納費人的主管地方稅務機關辦理申報交納費款。
(二)鐵路運營收入應納的維護費,由鐵路分局集中向其所在地主管征收機關申報交納費款;鐵路系統的職工所在地的局、分局、站、段負責代收后,向其所在地主管征收機關申報交納。
(三)跨地區經營企業,其納費地點除另有規定者外,應與現行流轉稅的有關納稅地點相一致,即現行流轉稅在哪繳納,其維護費就在哪交納。
考慮到電力行業的生產、銷售特點和現行核算體制便于河道維護費的征收,避免重復納費,對電力公司所屬不獨立核算的發電廠,在發電環節不征收維護費,統一由其所屬供電局在供電環節按全部供電銷售額征收河道維護費。