合并財務報表編制有其特殊的程序，主要包括如下幾個方面：
1．編制合并工作底稿。合并工作底稿的作用是為合并財務報表的編制提供基礎。在合并工作底稿中，對母公司和子公司的個別財務報表各項目的金額進行匯總和抵銷處理，最終計算得出合并財務報表各項目的合并金額。
2．將母公司、子公司個別資產負債表、利潤表、現金流量表、所有者權益變動表各項目的數據過入合并工作底稿，并在合并工作底稿中對母公司和子公司個別財務報表各項目的數據進行加總，計算得出個別資產負債表、利潤表、現金流量表、所有者權益變動表各項目合計金額。
3．在合并工作底稿中編制調整分錄和抵銷分錄，將內部交易對合并財務報表有關項目的影響進行抵銷處理。編制抵銷分錄，進行抵銷處理是合并財務報表編制的關鍵和主要內容，其目的在于將個別財務報表各項目的加總金額中重復的因素予以抵銷。但是，對屬于非同一控制下企業合并中取得的子公司的個別財務報表進行合并時，還應當首先根據母公司為該子公司設置的備查簿的記錄，以記錄的該子公司各項可辨認資產、負債及或有負債等在購買日的公允價值為基礎，通過編制調整分錄，對該子公司提供的個別財務報表進行調整，以使子公司的個別財務報表反映為在購買日公允價值基礎上確定的可辨認資產、負債及或有負債在本期資產負債表日的金額。對于子公司所采用的會計政策與母公司不一致的和子公司的會計期間與母公司不一致的，如果母公司自行對子公司的個別財務報表進行調整，也應當在合并工作底稿中通過編制調整分錄予以調整。在編制合并財務報表時，對子公司的長期股權投資調整為權益法，也需要在合并工作底稿中通過編制調整分錄予以調整，而不改變母公司“長期股權投資”賬簿記錄。
在合并工作底稿中編制的調整分錄和抵銷分錄，借記或貸記的均為財務報表項目（即資產負債表項目、利潤表項目、現金流量表項目和所有者權益變動表項目），而不是具體的會計科目。比如，在涉及調整或抵銷固定資產折舊、固定資產減值準備等均通過資產負債表中的“固定資產”項目，而不是“累計折舊”、“固定資產減值準備”等科目來進行調整和抵銷。
4．計算合并財務報表各項目的合并金額。即在母公司和子公司個別財務報表各項目加總金額的基礎上，分別計算出合并財務報表中各資產項目、負債項目、所有者權益項目、收入項目和費用項目等的合并金額。其計算方法如下：
（1）資產類各項目，其合并金額根據該項目加總金額，加上該項目抵銷分錄有關的借方發生額，減去該項目抵銷分錄有關的貸方發生額計算確定。
（2）負債類各項目和所有者權益類各項目，其合并金額根據該項目加總金額，減去該項目抵銷分錄有關的借方發生額，加上該項目抵銷分錄有關的貸方發生額計算確定。
（3）有關收入類各項目和有關所有者權益變動各項目，其合并金額根據該項目加總金額，減去該項目抵銷分錄的借方發生額，加上該項目抵銷分錄的貸方發生額計算確定。
（4）有關費用類項目，其合并金額根據該項目加總金額，加上該項目抵銷分錄的借方發生額，減去該項目抵銷分錄的貸方發生額計算確定。
5．填列合并財務報表。即根據合并工作底稿中計算出的資產、負債、所有者權益、收入、費用類以及現金流量表中各項目的合并金額，填列生成正式的合并財務報表。