2004年福建工程學院在福建省新建本科院校中率先啟動重點學科建設工程,遴選了10個優勢明顯、與地方經濟結合緊密的學科為校級重點建設學科。2007年交通信息工程及控制、材料加工工程、機械電子工程、巖土工程、結構工程等5個學科被批準為福建省新建本科院校重點建設學科。
我校現有本科專業39個,涵蓋工學、經濟學、管理學、文學、理學、法學六大學科。國家級特色專業為土木工程專業;省級特色專業為土木工程、機械設計制造及其自動化、工程造價專業;校級特色專業為土木工程、機械設計制造及其自動化、工程造價、電氣工程及其自動化、計算機科學與技術、建筑環境與設備工程、法學、材料成型及控制工程。
今年我校新增的本科專業為公共事業管理,實行文理兼招,招生計劃90人。
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學校全面加強學科建設，按照強化基礎學科，突出優勢學科，扶持新興學科的思路，對原有學科布局進行了優化和重組。建成凝聚態物理、分析化學、文藝學3個省重點扶持學科，確定理論物理、基礎數學等10個學科為校級重點建設學科，設立了遼金文學、應用化學等十多個研究所和一批科研及教學研究室，很好地保證并促進了學科科研及教研工作的開展。為學校的專業建設、課程建設和人才培養奠定了堅實的基礎。
為了更好地適應地方經濟建設和學校自身發展的需求，學校在原有本科專業的基礎上新增了采礦工程、土木工程、工商管理、臨床醫學、護理學、農學等本科專業，本科專業由原來的21個增加到35個。建成漢語言文學、英語、數學與應用數學、物理學、化學、體育教育 6 個校級品牌專業，基礎化學、電子技術2個省級示范實驗室，建成校級精品課程16門，其中1門為省級精品課程。
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