福建醫學院的前身是福建省立醫學專科學校。
1937年6月創辦于福州市,同年10月,福建省立醫院劃為該校附屬醫院。
民國27年6月,因抗日戰爭遷往閩北沙縣。同年8月,定名為福建省立醫學院,學制6年,畢業生授醫學士學位。
抗日戰爭勝利后,學校遷回福州,在省立醫院和高級工業職業學校舊址(吉祥山)重建校舍,醫科學習年限為6年,醫學專修科為5年。當時僅有基礎學科教師19人,兼職教師3人。
解放前夕,基礎學科僅有專任教師15人。附屬醫院設病床30張,有臨床教師12人,在校學生294人。解放前畢業生共279人。
1949年11月,福建省人民政府接辦福建省立醫學院,改為福建醫學院,學制5年。
1951年,除原設的醫學本科專業外,增設醫學專科(3年制),還附設中級衛生教育師資專修班。
到1957年,該院建立基礎學科17個教研組,有基礎學科教師90人,能按教學大綱開出實驗課,同時有一所300張病床的附屬合組醫院。
1958年,該院從吉祥山遷到八一七中路西洋村新校舍,福州協和醫院劃為附屬醫院,還確定福建省立醫院、福建省婦幼保健院、福州神經精神病防治院、福州結核病防治院、福州傳染病院5所為教學醫院,形成了一個教學、醫療、科研功能較為完整的高等醫學教育體系。
1959年,為適應衛生預防工作的需要,增設衛生系,招收一屆學生后,于1962年停止招生。還曾舉辦2年制衛生干部專修科。
1962年,廈門醫學院全部學生并入該院。
到1965年,學校有教師282人,其中基礎學科教師171人,臨床學科教師111人,教師中有正副教授和正副主任醫師34人、講師和主治醫師85人,在校學生1332人。
中華人民共和國成立后至1965年,共畢業學生3207人、副博士學位研究生2名。該院先后成立放射醫學、經絡、腫瘤、蛇傷、寄生蟲病、創傷、高氣壓手術治療、血液病8個研究室(組),取得一定的科研成果,其中“高壓氧手術室的建造和臨床應用”,開創了中國高壓氧醫學的臨床應用和研究。
“文化大革命”中,學校被迫停辦,院領導和一大批教職工被批判、斗爭,下放農村,學校資產散失嚴重,停止招生達4年之久,兩所附屬醫院與學校“脫鉤”,分成8組,遷到閩西、閩北8個縣,破壞極其嚴重。
1970年,福建醫學院奉命與福建中醫學院合并,遷到泉州華僑大學校址,華僑大學醫學系并入,改為福建醫科大學。
1970年,開始招試點班學生(2年制)。
1971年,籌建附屬第一醫院,秋季招收3年制醫學專業學生。
1972年,設醫學、中醫兩系。
1975年,在莆田、龍巖兩縣舉辦“社來社去”班,學制2年。
1983年10月,原晉江地區第二醫院劃為附屬第二醫院。在此期間,還舉辦3期在職西醫學習中醫班和其他短期進修班以及中級技術人員班;附設機構有制藥廠、印刷廠。
1977年秋,開始招收5年制本科學生。
1978年6月,中共福建省委決定福建醫科大學遷回福州原址;同年11月,中醫系分出復辦福建中醫學院。
1980年,復辦衛生系。
1982年6月,恢復附屬協和醫院隸屬關系。同年10月,福建醫科大學恢復福建醫學院原名。
1984年,附屬第一醫院由泉州遷回福州,“福建醫學院附屬協和醫院”正式恢復。
1996年4月,經國家教委批準,更名為福建醫科大學。相應的附屬醫院亦更名。
2003年,福建省人民政府確定為重點建設高校;同年以良好的成績通過了教育部本科教學工作水平評估。