1、執業醫師一試：執業醫師二試的考試性質為實踐技能考試。
2、執業醫師二試：執業醫師一試的考試性質為醫學綜合筆試。并且二試一年有兩次機會，當然僅限于臨床和中醫兩個類別的考試。
3、二者的考試方式也不同，執業醫師一試采用多站測試的方式，考區設有實踐技能考試基地，根據考試內容設置若干考站，考生依次通過考站接受實踐技能的測試。執業醫師二試采用客觀性選擇題，書面考試，主要題型為A、B型題。
4、二者的考試順序也不同，考執業醫師二試前要先通過執業醫師一試，也就是說執業醫師一試通過后接著考執業醫師二試。
5、二試考試的考試題量更多，一試考試的考試范圍更大、操作難度更大。一試考試的考試類型為實踐技能考試，考試總題量約為5題。題量更少。而二試考試的考試類型為醫學綜合筆試，考試總題量約為600題。題量更多。
6、二者的考試范圍也不同，一試考試的考試范圍包括臨床類，中醫類，中西醫類，口腔類，公衛類考試大綱范圍。考試范圍更大。二試考試的考試范圍包括臨床類、口腔類、公衛類考試大綱范圍。考試范圍更小。
7、二者的考試題型不同。一試考試的考試內容為實際技能操作。操作難度更大。二試考試的考試內容為全部采用選擇題形式。采用A型和B型題，共有A1、 A2、 A3、 A4、 B1五種題型。操作難度更小。
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